Trong các cuộc thanh kiểm tra này, các nội dung cơ bản gồm: thanh tra về bảo vệ môi trường trên địa bàn tỉnh, thành phố thuộc các lưu vực sông; thanh tra về bảo vệ môi trường trên địa bàn các tỉnh, thành phố khu vực Tây Nam Bộ, miền Trung và Tây Nguyên và phía Bắc; kiểm tra việc thực hiện các biện pháp bảo vệ môi trường đối với các dự án, cở sở được Bộ TN&MT phê duyệt; thanh tra việc chấp hành các quy định pháp luật về bảo tồn đa dạng sinh học; kiểm tra việc thực hiện kết luận thanh tra, kiểm tra đối với các cơ sở hành nghề quản lý chất thải nguy hại; thanh tra công tác bảo vệ môi trường đối với các cơ sở sản xuất có nguy cơ gây ô nhiễm môi trường; thanh tra công tác bảo vệ môi trường đối với các dự án thăm dò, khai thác và chế biến khoáng sản; thanh tra công tác bảo vệ môi trường đối với các cơ sở đóng mới, sửa chữa và phá vỡ tàu thủy.

Nhìn chung, hoạt động thanh tra, kiểm tra đã có nhiều chuyển biến tích cực, qua đó, đã giúp hàng ngàn doanh nghiệp hoàn thiện các hồ sơ, thủ tục môi trường, khắc phục các tồn tại và chấn chỉnh những yếu kém, hạn chế về quản lý môi trường.

Cũng trong năm 2015, Cục Kiểm soát hoạt động bảo vệ môi trường đã tiếp nhận và xử lý 115 hồ sơ, trong đó đã có 59 dự án được cấp Giấy xác nhận hoàn thành công trình bảo vệ môi trường; 22 hồ sơ đã kiếm tra và có văn bản yêu cầu các Chủ dự án bổ sung, hoàn thiện bổ sung hồ sơ; đã trả lại 27 hồ sơ không thuộc đối tượng hoặc không đủ điều kiện xác nhận. Ngoài ra, Cục còn đôn đốc xử lý, cấp 40 Giấy xác nhận hoàn thành công trình bảo vệ môi trường tồn đọng từ năm 2014. Song song, trong 11 tháng đầu năm 2015, Cục cũng đã tiếp nhận và xử lý 26 hồ sơ khiếu nại, tố cáo, trong đó: xử lý 22 hồ sơ, lưu hồ sơ đối với 02 trường hợp không thuộc thẩm quyền, giải quyết và trả lời 18 đơn, thư khiếu nại Quyết định xử phạt vi phạm hành chính và đưa vào danh sách thanh tra đối với 02 tổ chức bị tố cáo gây ô nhiễm môi trường; xử lý 335 báo cáo giải trình và khắc phục hậu quả vi phạm.

Tại hội nghị tổng kết hoạt động của Cục, Tổng cục trưởng Tổng cục Môi trường Nguyễn Văn Tài cho rằng, công tác thanh tra, kiểm tra cần quyết đoán, kiên định theo các văn bản quy phạm pháp luật, cần mềm mỏng với các đối tượng thanh tra để tránh tình trạng hiểu lầm, gây ra những phản ứng không đáng có. Do đó, cần nâng cao chất lượng đội ngũ cán bộ làm công tác thanh tra, kiểm tra về bảo vệ môi trường, cần có sự chia sẻ, trao đổi thông tin với các đơn vị có liên quan, phối hợp chặt chẽ với địa phương để phục vụ tốt hơn công tác quản lý nhà nước về bảo vệ môi trường.

Hiện nay, Cục được giao thực hiện 09 nhiệm vụ kiểm tra, thanh tra thường xuyên và 01 nhiệm vụ hỗ trợ xây dựng văn bản quy phạm pháp luật. Về công tác xây dựng văn bản quy phạm pháp luật, Cục đã phối hợp với các chuyên gia, đơn vị có liên quan tổ chức thực hiện nhiệm vụ theo đúng quy trình xây dựng văn bản quy phạm pháp luật, đã hoàn thiện Dự thảo Nghị định thay thế Nghị định số 179/2013/NĐ-CP ngày 14 tháng 11 năm 2013 về xử phạt vi phạm hành chính trong lĩnh vực bảo vệ môi trường, hiện đã được Bộ trưởng Bộ TN&MT trình Chính phủ thẩm định, dự kiến Nghị định sẽ được ban hành trong tháng 12 năm 2015. Ngoài ra, Cục đã thường xuyên cử cán bộ có chuyên môn vững phối hợp với các đơn vị có liên quan tham gia tổ soạn thảo các văn bản do Bộ, Tổng cục chủ trì.